El Cementerio de las Fontanelle sirvió como lugar de sepultura para los difuntos que ya no encontraban lugar en las iglesias, para las víctimas de plagas, hambrunas y catástrofes naturales.
Alrededor del Cementerio de las Fontanelle se concentraron ritos, leyendas y relatos de milagros. Durante un tiempo se convirtió en un lugar de profundo culto popular. En el interior, de hecho, tuvo lugar el llamado ritual de las «anime pezzentelle»: cada napolitano adoptó y cuidó un cráneo, llamado «capuzzella», perteneciente a un alma abandonada del purgatorio, «pezzentella» precisamente, a cambio de protección.